[Published] ZF-Mapper: 無料のゼブラフィッシュ 蛍光量定量ソフト
- 2019/03/11
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うちのラボに遊びに来ていた学部4年生（当時は3年生）の山本君との共同研究が、Zebrafish journalからpublishできました。
これまで、ゼブラフィッシュ体内の蛍光量、たとえばEGFPタンパク質を発現させた血管や免疫細胞、はたまた移植したがん細胞の量を測定するソフトウェアはいくつか報告されてきましたが、どれもこれもオープンソースではなく、無料のものもほとんどなく、ほぼ唯一無料のImageJはとても素人には使いにくい、という問題点がありました。
論文の内容自体は、このZF-MapperとImageJを比較したり、
注）彼はうちの研究室に所属していたわけではないので、あくまで共同研究者なのでございます。
いえ〜〜い！！
パチパチパチパチ・・・
（もはやマンネリ）
これまで、ゼブラフィッシュ体内の蛍光量、たとえばEGFPタンパク質を発現させた血管や免疫細胞、はたまた移植したがん細胞の量を測定するソフトウェアはいくつか報告されてきましたが、どれもこれもオープンソースではなく、無料のものもほとんどなく、ほぼ唯一無料のImageJはとても素人には使いにくい、という問題点がありました。
かくゆう私も以前のラボで発表した移植されたがん細胞量を定量する方法は・・・お値段なんと
3500万円！！
（顕微鏡システム込み）
そ、それをなんと同じ機能で（言い過ぎかな）、
無料！！！
ひゅ〜〜〜〜〜〜っ！！！！
ソースも見放題！！
あ、pythonベースです。論文にも直接ソースが書いてあります。
ダウンロードは・・・
何かの通販みたい。
使い方は論文に書いてありますが、動画でも説明しています。
まあ、最初にthreshold値を適当に決めて、あとは解析したい画像をまとめてソフトウェアのアイコンにドラッグ＆ドロップするだけなのですが。
論文の内容自体は、このZF-MapperとImageJを比較したり、
マクロファージEGFP個体のスキャン、EGFPラベルしたがん細胞移植個体の計測、そしてRの3D scatter plotを用いて（ちゃんと自分でprogram書きました）3D化したりしています。
3D化した画像をsupplementaryで後悔していますが、グリグリできて楽しいですよ（Chromeで開くと動かないので気をつけてください）。
これは単なる画像なので動きませーん。
あと、蛍光ビーズをがん細胞みたいにゼブラフィッシュに移植して定量化したりもしました。
これがまた綺麗なんだわ、論文には画像出していませんが。
興味のある方はぜひ一度、お使いください！！