新水槽システムの運用開始
- 2020/02/28
- 16:32
1週間、水槽システムを水だけで回し、水漏れなどが起こらないか確認。2/26（水）UV照射装置を停止させ、亜硝酸分解細菌を投入。ろ過材（バイコムバフィ）に亜硝酸分解細菌が定着するまでにUVで殺菌されないようにするため。亜硝酸分解細菌はスーパーバイコム78（500 mL）と21PD（250 mL）をそれぞれ1本投入（お金が・・・）。同封の硝化菌専用基質を入れるのを忘れずに～2/27（木）翌日、試験用として受精後9日目（9 dpf）のAB系統...
新水槽システム導入
- 2020/02/19
- 00:00
帰国してもう3年。５台の水槽システムはどれもとても古く（うち1台は検疫用だから魚をあまり入れられない）、共同研究やら趣味の研究やら（汗）で、どんどん特殊なゼブラフィッシュ系統（蛍光発現やmutants）を増やし続け、さらにルーチンでZebrafish Embryo Acute Toxicity Test (ZFET)を回しているので、野生型系統も増やしまくりの今日この頃、ついに水槽システムがいっぱいいっぱいになりました！！（正確には昨年後半からやり...
[Published] googleの簡単機械学習でゼブラフィッシュ 画像解析
- 2019/12/17
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前回のZF-Mapperという画像定量化ソフトウェアの流れを組む研究、ZF-Informaticsの第２弾！！（ZF-Informaticsは自分で勝手に命名しました）ZF-AutoML: An Easy Machine-Learning-Based Method to Detect Anomalies in Fluorescent-Labelled Zebrafishby Ryota Sawaki 1,†,Daisuke Sato 2,†,Hiroko Nakayama 3,4,Yuki Nakagawa 2 andYasuhito Shimada 1,4,5,*1Department of Integrative Pharm...
[Published] ヤマトタチバナっていう特別なミカンをゼブラフィッシュに
- 2019/12/17
- 00:00
三重大学の生物資源学研究科との共同研究がpublishされました。J Med Food. 2019 Dec 17. doi: 10.1089/jmf.2019.4484. [Epub ahead of print]Water Extract of Yamato Tachibana (Citrus tachibana) Induces Food Intake in Adult and Larval Zebrafish.Yamada Y1, Chensom S1, Yonemoto H2, Nakayama H1,3, Zang L1,3, Nishimura N1,3, Mishima T1,4, Shimada Y2,3,5.ことの始まりは、...
[写真多い] 分子生物学会で（大勢で）発表してきました！
- 2019/12/06
- 00:00
毎年恒例の分子生物学会、今年も参加してきました（昨年・一昨年前はこちら）。しかも・・・演題５つ、総勢６名！！そして全員ほぼ全日程参加。お金が・・・。場所は福岡国際会議場。ポスタ－会場は少し離れていますが、こっちのほうがきれいかも。なかなかの活気です。屋台も出ています。ちょっとしたお祭りですね。ワークショップに選ばれた後輩研究者の御発表。内容はFront Genetで発表した糖尿病モデルゼブラフィッシュを用い...
[Published] TLR2はマイコバクテリアの感染防御に重要
- 2019/11/20
- 00:00
ライデン大学時代からの長期作がようやくpublishされました。BMC Genomics. 2019 Nov 20;20(1):878. doi: 10.1186/s12864-019-6265-1.Infection and RNA-seq analysis of a zebrafish tlr2 mutant shows a broad function of this toll-like receptor in transcriptional and metabolic control and defense to Mycobacterium marinum infection.Hu W1, Yang S1,2, Shimada Y1,3, Münch M4,5, Marín-Juez...
第26回未病システム学会にて優秀演題賞！！
- 2019/11/17
- 20:37
帰国してから参加している未病システム学会。今年も参加してきました〜〜今回、なあんと、私はポスター発表なのに、メンバーの女性２人がオーラル発表になりました。私はオーラルなのに！！か、かなしすぎる・・・。もう来年はいかにゃい・・・（たぶんウソ）。で、うちの娘（というには年齢が）たちの発表をパシャリ。パシャリパシャリ自分は自分のポスター発表以外の日は参加しなかったのですが（拗ねていた訳ではない）、なあん...
Doctors File
- 2019/11/09
- 00:00
最近、地域のクリニックをどんどん登録しているDoctors Fileというサイトに、アルバイト先のクリニックが登録されたので、ご報告。ウェブサイトはこちら。まあ、自分は半分趣味で働いているところなので、あまりお客さんが増えないほうがいいんですが。...
技術交流会 in デンソー
- 2019/11/06
- 00:00
デンソー本社の技術展示会にて発表してきました。自動車関係の会社なのに、なぜ僕はここにいるんだ？？（自分でも全くわからない）まあ、当たり前ですが、展示は自分の専門のゼブラフィッシュ 。生きているゼブラフィッシュの成魚と稚魚（顕微鏡付き）を持って行きました。いい感じの展示でしょ？柿は話を聞きにきてくださった方に、お配りさせていただきました。・・・何をしてんだか。。。デンソー本社の夕暮れ。短いブログでし...
[写真多い] 信楽行ってきました
- 2019/11/04
- 00:00
家族旅行で信楽に行ってきました！！三重県からだと旅行というほどの距離ではないですが。ででーん！！名物のたぬきたち！！！ほら、ほら。ちょっと変わりダネほ〜らほらもうええっちゅうねん。さて、今日の目的は陶芸の森とてもきれいな場所でした。まずはここでもたぬきたちがお出迎えです。以下、テキトーに写真が続きます。登窯で遊ぶ息子。とてもお洒落な椅子たち。気に入ったので、お店でいくつか買って帰ろうかと思ったら・...
ZMDD 2019
- 2019/11/02
- 00:00
ZMDD: ゼブラフィッシュ ・メダカ創薬研究会去年のZMDD 2018（過去ブログ）に引き続き、今年も参加発表してきました。会場はちょっと遠めの千葉大学朝一の発表なのに、当日朝に三重県を出発する己の無謀さ・・・今回のネタは、もうすぐ論文発表する（このブログを書いているときはすでに発表済）の機械学習ネタ。朝一ということもあり、参加者数が・・・でも年に1回、いろいろな分野に住んでいるゼブラフィッシュ研究者が集まる会...
京都大学行ってきた
- 2019/10/07
- 00:00
新たな共同研究開始のため、京都大学に行きました。ええ、仕事です。遊びじゃありません、仕事です。きれいな赤レンガの校舎が続く学内を歩きます。う、うつくしい・・・。海外の大学のようです。三重大学もせめて建物の色調くらい揃えてほしいものいですね。寄付講座のリストが・・・。日本の大手ばっかりです。まさに日本の知の世界のトップという感じです。いやあ、研究がんばらなあかんわ。来年はImpact Factorが高い論文を出...
[写真多し] 中国の学会で発表してきた（最終日）
- 2019/09/22
- 00:00
さあ、学会当日。一気に３０枚の画像で勝負だ！！なんのこっちゃ。。。朝はホテルの食い放題を楽しみ・・・ホテルから１時間以上かけ（汗）、会場に到着。相変わらず立派すぎる会場です。どうやら1階は中国共産党のイベントをしていたらしく、ついでに記念撮影ここはG20の会場にもなったそうです（興味ないけどね）。で、会場の２階に到着。いよいよ本番です（実は２日分まとめてあります）。後輩研究者の発表。英語が上手なことも...
[写真多すぎ] 中国で学会発表（２日目）
- 2019/09/20
- 19:34
さあ、今日から学会本番！！朝から気合を入れて、ホテルの朝食バイキングを満喫するぞ！！（おいおい）と、朝っぱらからおいしい中華をたらふく食べて、学会会場に向かいます。ちゃんと学会会場のそばのホテルを取ってある賢い我々（後輩研究者のこと）。それにしても大きな会場です。いろいろな学会がやっています。これじゃないし・・・これも違う。お、これかな？いや、家畜関係の学会らしい、違いました。バイオテクノロジー関...
[写真超多すぎ] 中国の学会に初参加（初日）
- 2019/09/19
- 00:00
後輩研究者のふるさと、中国は青島。肥満の国際学会に誘われたので発表してきました（軽い）。夜中に到着したので、開始は翌日（学会は明日からの全日入り）明るいところで見るとかなり立派なホテル。両サイドにショッピングモールが併設されています（モールはこの日の夕方に行きました）。で、ホテルの周りの風景。どーん！どどーん！！どどどーん！！どどどーん！！！ええ、もう大都会です。三重県の田舎者には想像を絶する都会...
[写真多] 彦根城と安土城に行ってきました
- 2019/09/15
- 00:00
気づくと仕事のことばかり書いてしまうこのブログ（ほんとか？）意識的に、かつ定期的にプライベートを書かないといけませんね。というわけで家族で彦根城に行ってきました！！三重からだと大騒ぎするほどの距離ではない。まずは入り口。そして中に入っていきます。石垣（石垣フェチ）と堀のハーモニーが美しいです。オランダ時代（当時のブログ）によく見た白鳥！！中に入っていきます。さあ、上りの階段ラッシュ。そういやここに...
[写真多い警報] 鳥取行ってきました。
- 2019/09/11
- 00:00
前回のバイオ医薬EXPO（過去のブログ）で知り合った企業との共同研究の打ち合わせで、鳥取に行きました。場所は鳥取大学医学部がある米子市。会議予定よりかなり早めに着いたので（わざとじゃないよ）、付近を散策すると・・・米子城跡発見！！鳥取大の裏にある山の上にあるようです。暑かったですが、運動のため、歩いて登ってみました。頂上に着いたら、もう汗だく。途中で白シャツを脱いで歩きました。石垣の跡がいい感じです。...
そういや羽毛研究
- 2019/09/09
- 00:00
河田フェザー社との共同研究も羽毛の安全性評価に関する研究。ちょっと前まで、プレスリリースや論文発表出しまくっていましたが、最近出していないことに気づいたので、このブログで紹介。寝装ジャーナル、2019年8月25日号掲載繊維ニュース、2019年8月13 日号掲載寝具新聞、2019年8月15日号さあて、そろそろ新展開考えないとな〜〜〜！！...
[Published] 緑茶抽出物をゼブラフィッシュに与えて痩せさせて・・
- 2019/09/07
- 08:59
その肝臓の遺伝子発現を次世代シーケンサーで見ちゃいました！！Zang L, Shimada Y, Nakayama H, Kim Y, Chu D, Juneja LR, Kuroyanagi J, Nishimura N. RNA-seq based transcriptome analysis of the anti-obesity effect of green tea extract using zebrafish obesity models. Molecules. 2019;24:3256.ロートさんとの共同研究成果の一部でございます。まあ、正直、大した発見のない論文なのですが（...
[やっぱり写真多いぞ] スペイン出張（サンセバスチャン編）
- 2019/08/22
- 00:00
学会も無事終わり、今日から共同研究先訪問「弾丸」ツアー開始です。まずは朝一で予約したレンタカーを受け取り、バレンシア からサンセバスチャンに向かいます。まさにスペイン横断、片道600kmの旅です！！途中で寄ったサービスエリア。おしゃれすぎます。まずは１軒目、到着！！場所はサンセバスチャンの少し手前、NavarraにあるIkan Biotechさんです。５時間くらい運転しました。いやあ、おしゃれだな〜、ほんっと。共有のホー...
クラウドファンディング達成！
- 2019/08/21
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三重大学もついに、クラウドファンディングを始めました！！え、遅すぎって？？まあ、いいじゃないですか、始めたんだから。最初は私にお声がかかったのですが、こういうのは若い人向けかな〜〜と思い、一緒に研究している市川先生（過去ブログ）に声をかけ、クラウドファンディングが開始されました。彼のサイトはこちら。１ヶ月という短い期間ですが、見事１００万円達成！！！おめでとうございます！！！！！寄付してくださった...
[さあ学会だ] スペイン出張
- 2019/08/20
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さあ、学会本番！！3rd World Conference on Food science, Nutrition and Obesity Prevention Sourceややマニアックな学会ですが、学生さんや後輩君にはいい練習でしょー。自分の発表は朝一番でしたが、意外といいお客さんの入り。初めての海外（英語）発表で、かなり練習していた学生さんも無事、見事な発表。ポスターセッションで絡みまくるおじさん。あ、自分だ、これ！学会後のランチ会場。スペインらしい、いやバレンシアら...
[三重大R] 共同研究者ピックアップ
- 2019/08/19
- 00:00
三重大Rというサイトに共同研究者の市川俊輔先生が載っていました。ウェブサイトはこちら研究の内容は、彼が三重県中の学校から集めてきた土壌、主に土壌細菌の機能性をゼブラフィッシュで探しています。今は主に抗がん作用を見ています。忘れもしない、帰国したばかりの2016年、それまで会ったこともない彼から「土をいっぱい持っているけど何か研究できないか」と提案を受けたことが、このプロジェクトの始まりでした。私自身も...
[写真多め注意報継続中] スペイン出張（2日目）
- 2019/08/18
- 00:00
というわけで2日目は日曜日。なので今日も観光です。（はかったな！）まずは（名前を忘れた、一応観光名所らしい）きれいな公園を通り抜け大量の黒猫を集めているご老人発見！バレンシア美術館に到着。クラッシックな感じがかっこいいです。大きな入り口入るとおじいさまがお出迎えです。中はこんな感じ。かなりかっこいい。ここも無料！スペイン、太っ腹すぎる！！！クラシックかつ圧巻の美術作品中年になって失われた（はずの）...
[写真多め注意報発令中] スペイン出張（1日目）
- 2019/08/17
- 00:00
後輩さんがConference board memberに選ばれた、ということで、スペインの肥満学会に参加してきました。・・・後輩のほうが研究業界で出世していく今日この頃、皆さんいかがお過ごしですか？というわけで、人生初のスペイン！！いえーい！！！パチパチパチパチ・・・真夏のバレンシア ！！！あっつ〜〜〜〜い！！！学会じゃなかったら来ないわ、この暑さ。「日本と違って湿気が少ないから過ごしやすい」みたいな情報を事前に聞いて...