[Published] googleの簡単機械学習でゼブラフィッシュ 画像解析
- 2019/12/17
- 00:00
前回のZF-Mapperという画像定量化ソフトウェアの流れを組む研究、ZF-Informaticsの第２弾！！（ZF-Informaticsは自分で勝手に命名しました）ZF-AutoML: An Easy Machine-Learning-Based Method to Detect Anomalies in Fluorescent-Labelled Zebrafishby Ryota Sawaki 1,†,Daisuke Sato 2,†,Hiroko Nakayama 3,4,Yuki Nakagawa 2 andYasuhito Shimada 1,4,5,*1Department of Integrative Pharm...
[Published] ヤマトタチバナっていう特別なミカンをゼブラフィッシュに
- 2019/12/17
- 00:00
三重大学の生物資源学研究科との共同研究がpublishされました。J Med Food. 2019 Dec 17. doi: 10.1089/jmf.2019.4484. [Epub ahead of print]Water Extract of Yamato Tachibana (Citrus tachibana) Induces Food Intake in Adult and Larval Zebrafish.Yamada Y1, Chensom S1, Yonemoto H2, Nakayama H1,3, Zang L1,3, Nishimura N1,3, Mishima T1,4, Shimada Y2,3,5.ことの始まりは、...
[Published] TLR2はマイコバクテリアの感染防御に重要
- 2019/11/20
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ライデン大学時代からの長期作がようやくpublishされました。BMC Genomics. 2019 Nov 20;20(1):878. doi: 10.1186/s12864-019-6265-1.Infection and RNA-seq analysis of a zebrafish tlr2 mutant shows a broad function of this toll-like receptor in transcriptional and metabolic control and defense to Mycobacterium marinum infection.Hu W1, Yang S1,2, Shimada Y1,3, Münch M4,5, Marín-Juez...
第26回未病システム学会にて優秀演題賞！！
- 2019/11/17
- 20:37
帰国してから参加している未病システム学会。今年も参加してきました〜〜今回、なあんと、私はポスター発表なのに、メンバーの女性２人がオーラル発表になりました。私はオーラルなのに！！か、かなしすぎる・・・。もう来年はいかにゃい・・・（たぶんウソ）。で、うちの娘（というには年齢が）たちの発表をパシャリ。パシャリパシャリ自分は自分のポスター発表以外の日は参加しなかったのですが（拗ねていた訳ではない）、なあん...
Doctors File
- 2019/11/09
- 00:00
最近、地域のクリニックをどんどん登録しているDoctors Fileというサイトに、アルバイト先のクリニックが登録されたので、ご報告。ウェブサイトはこちら。まあ、自分は半分趣味で働いているところなので、あまりお客さんが増えないほうがいいんですが。...
技術交流会 in デンソー
- 2019/11/06
- 00:00
デンソー本社の技術展示会にて発表してきました。自動車関係の会社なのに、なぜ僕はここにいるんだ？？（自分でも全くわからない）まあ、当たり前ですが、展示は自分の専門のゼブラフィッシュ 。生きているゼブラフィッシュの成魚と稚魚（顕微鏡付き）を持って行きました。いい感じの展示でしょ？柿は話を聞きにきてくださった方に、お配りさせていただきました。・・・何をしてんだか。。。デンソー本社の夕暮れ。短いブログでし...
[写真多い] 信楽行ってきました
- 2019/11/04
- 00:00
家族旅行で信楽に行ってきました！！三重県からだと旅行というほどの距離ではないですが。ででーん！！名物のたぬきたち！！！ほら、ほら。ちょっと変わりダネほ〜らほらもうええっちゅうねん。さて、今日の目的は陶芸の森とてもきれいな場所でした。まずはここでもたぬきたちがお出迎えです。以下、テキトーに写真が続きます。登窯で遊ぶ息子。とてもお洒落な椅子たち。気に入ったので、お店でいくつか買って帰ろうかと思ったら・...
ZMDD 2019
- 2019/11/02
- 00:00
ZMDD: ゼブラフィッシュ ・メダカ創薬研究会去年のZMDD 2018（過去ブログ）に引き続き、今年も参加発表してきました。会場はちょっと遠めの千葉大学朝一の発表なのに、当日朝に三重県を出発する己の無謀さ・・・今回のネタは、もうすぐ論文発表する（このブログを書いているときはすでに発表済）の機械学習ネタ。朝一ということもあり、参加者数が・・・でも年に1回、いろいろな分野に住んでいるゼブラフィッシュ研究者が集まる会...
京都大学行ってきた
- 2019/10/07
- 00:00
新たな共同研究開始のため、京都大学に行きました。ええ、仕事です。遊びじゃありません、仕事です。きれいな赤レンガの校舎が続く学内を歩きます。う、うつくしい・・・。海外の大学のようです。三重大学もせめて建物の色調くらい揃えてほしいものいですね。寄付講座のリストが・・・。日本の大手ばっかりです。まさに日本の知の世界のトップという感じです。いやあ、研究がんばらなあかんわ。来年はImpact Factorが高い論文を出...
[写真多し] 中国の学会で発表してきた（最終日）
- 2019/09/22
- 00:00
さあ、学会当日。一気に３０枚の画像で勝負だ！！なんのこっちゃ。。。朝はホテルの食い放題を楽しみ・・・ホテルから１時間以上かけ（汗）、会場に到着。相変わらず立派すぎる会場です。どうやら1階は中国共産党のイベントをしていたらしく、ついでに記念撮影ここはG20の会場にもなったそうです（興味ないけどね）。で、会場の２階に到着。いよいよ本番です（実は２日分まとめてあります）。後輩研究者の発表。英語が上手なことも...
[写真多すぎ] 中国で学会発表（２日目）
- 2019/09/20
- 19:34
さあ、今日から学会本番！！朝から気合を入れて、ホテルの朝食バイキングを満喫するぞ！！（おいおい）と、朝っぱらからおいしい中華をたらふく食べて、学会会場に向かいます。ちゃんと学会会場のそばのホテルを取ってある賢い我々（後輩研究者のこと）。それにしても大きな会場です。いろいろな学会がやっています。これじゃないし・・・これも違う。お、これかな？いや、家畜関係の学会らしい、違いました。バイオテクノロジー関...
[写真超多すぎ] 中国の学会に初参加（初日）
- 2019/09/19
- 00:00
後輩研究者のふるさと、中国は青島。肥満の国際学会に誘われたので発表してきました（軽い）。夜中に到着したので、開始は翌日（学会は明日からの全日入り）明るいところで見るとかなり立派なホテル。両サイドにショッピングモールが併設されています（モールはこの日の夕方に行きました）。で、ホテルの周りの風景。どーん！どどーん！！どどどーん！！どどどーん！！！ええ、もう大都会です。三重県の田舎者には想像を絶する都会...
[写真多] 彦根城と安土城に行ってきました
- 2019/09/15
- 00:00
気づくと仕事のことばかり書いてしまうこのブログ（ほんとか？）意識的に、かつ定期的にプライベートを書かないといけませんね。というわけで家族で彦根城に行ってきました！！三重からだと大騒ぎするほどの距離ではない。まずは入り口。そして中に入っていきます。石垣（石垣フェチ）と堀のハーモニーが美しいです。オランダ時代（当時のブログ）によく見た白鳥！！中に入っていきます。さあ、上りの階段ラッシュ。そういやここに...
[写真多い警報] 鳥取行ってきました。
- 2019/09/11
- 00:00
前回のバイオ医薬EXPO（過去のブログ）で知り合った企業との共同研究の打ち合わせで、鳥取に行きました。場所は鳥取大学医学部がある米子市。会議予定よりかなり早めに着いたので（わざとじゃないよ）、付近を散策すると・・・米子城跡発見！！鳥取大の裏にある山の上にあるようです。暑かったですが、運動のため、歩いて登ってみました。頂上に着いたら、もう汗だく。途中で白シャツを脱いで歩きました。石垣の跡がいい感じです。...
そういや羽毛研究
- 2019/09/09
- 00:00
河田フェザー社との共同研究も羽毛の安全性評価に関する研究。ちょっと前まで、プレスリリースや論文発表出しまくっていましたが、最近出していないことに気づいたので、このブログで紹介。寝装ジャーナル、2019年8月25日号掲載繊維ニュース、2019年8月13 日号掲載寝具新聞、2019年8月15日号さあて、そろそろ新展開考えないとな〜〜〜！！...
[Published] 緑茶抽出物をゼブラフィッシュに与えて痩せさせて・・
- 2019/09/07
- 08:59
その肝臓の遺伝子発現を次世代シーケンサーで見ちゃいました！！Zang L, Shimada Y, Nakayama H, Kim Y, Chu D, Juneja LR, Kuroyanagi J, Nishimura N. RNA-seq based transcriptome analysis of the anti-obesity effect of green tea extract using zebrafish obesity models. Molecules. 2019;24:3256.ロートさんとの共同研究成果の一部でございます。まあ、正直、大した発見のない論文なのですが（...
[やっぱり写真多いぞ] スペイン出張（サンセバスチャン編）
- 2019/08/22
- 00:00
学会も無事終わり、今日から共同研究先訪問「弾丸」ツアー開始です。まずは朝一で予約したレンタカーを受け取り、バレンシア からサンセバスチャンに向かいます。まさにスペイン横断、片道600kmの旅です！！途中で寄ったサービスエリア。おしゃれすぎます。まずは１軒目、到着！！場所はサンセバスチャンの少し手前、NavarraにあるIkan Biotechさんです。５時間くらい運転しました。いやあ、おしゃれだな〜、ほんっと。共有のホー...
クラウドファンディング達成！
- 2019/08/21
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三重大学もついに、クラウドファンディングを始めました！！え、遅すぎって？？まあ、いいじゃないですか、始めたんだから。最初は私にお声がかかったのですが、こういうのは若い人向けかな〜〜と思い、一緒に研究している市川先生（過去ブログ）に声をかけ、クラウドファンディングが開始されました。彼のサイトはこちら。１ヶ月という短い期間ですが、見事１００万円達成！！！おめでとうございます！！！！！寄付してくださった...
[さあ学会だ] スペイン出張
- 2019/08/20
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さあ、学会本番！！3rd World Conference on Food science, Nutrition and Obesity Prevention Sourceややマニアックな学会ですが、学生さんや後輩君にはいい練習でしょー。自分の発表は朝一番でしたが、意外といいお客さんの入り。初めての海外（英語）発表で、かなり練習していた学生さんも無事、見事な発表。ポスターセッションで絡みまくるおじさん。あ、自分だ、これ！学会後のランチ会場。スペインらしい、いやバレンシアら...
[三重大R] 共同研究者ピックアップ
- 2019/08/19
- 00:00
三重大Rというサイトに共同研究者の市川俊輔先生が載っていました。ウェブサイトはこちら研究の内容は、彼が三重県中の学校から集めてきた土壌、主に土壌細菌の機能性をゼブラフィッシュで探しています。今は主に抗がん作用を見ています。忘れもしない、帰国したばかりの2016年、それまで会ったこともない彼から「土をいっぱい持っているけど何か研究できないか」と提案を受けたことが、このプロジェクトの始まりでした。私自身も...
[写真多め注意報継続中] スペイン出張（2日目）
- 2019/08/18
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というわけで2日目は日曜日。なので今日も観光です。（はかったな！）まずは（名前を忘れた、一応観光名所らしい）きれいな公園を通り抜け大量の黒猫を集めているご老人発見！バレンシア美術館に到着。クラッシックな感じがかっこいいです。大きな入り口入るとおじいさまがお出迎えです。中はこんな感じ。かなりかっこいい。ここも無料！スペイン、太っ腹すぎる！！！クラシックかつ圧巻の美術作品中年になって失われた（はずの）...
[写真多め注意報発令中] スペイン出張（1日目）
- 2019/08/17
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後輩さんがConference board memberに選ばれた、ということで、スペインの肥満学会に参加してきました。・・・後輩のほうが研究業界で出世していく今日この頃、皆さんいかがお過ごしですか？というわけで、人生初のスペイン！！いえーい！！！パチパチパチパチ・・・真夏のバレンシア ！！！あっつ〜〜〜〜い！！！学会じゃなかったら来ないわ、この暑さ。「日本と違って湿気が少ないから過ごしやすい」みたいな情報を事前に聞いて...
Moleculesのguest editorになってみた。
- 2019/08/13
- 21:25
最近お気に入りのMDPI group。メリット1: Reviewerをすると論文投稿時にお安くなるバウチャーが貰える。メリット2: 投稿した論文のreviewがとにかく早い（下手すると１週間以内）。・・・もちろん、自分がreviewerになったときも１週間以内にreviewしないといけない訳ですが。まあ、実際にreviewするときって、２時間くらい集中しておしまいなので、１週間もあれば十分な訳です。で、MDPIのIJMSにちょいちょい論文出していたら、同...
[Published] CENPXという遺伝子発現を抑制すると血糖値が下がる
- 2019/07/29
- 00:00
というわけで4か月振りのPublish。サボっていたわけではないのに、なかなか論文が出なかった今日この頃、帰国直後から後輩と一緒にやってきた研究がついにまとまりました。共著者の皆様、ご協力ありがとうございました。Zang L, Shimada Y, Nakayama H, Chen W, Okamoto A, Koide H, Oku N, Dewa T, Shiota M, Nishimura N. Therapeutic silencing of centromere protein X ameliorates hyperglycemia in zebrafish and ...
津花火
- 2019/07/28
- 00:00
気づくと仕事のブログばっかり。もうダメですね〜、こんな人生では・・・。というわけで津花火に行ってきました！！！わ〜、パチパチパチパチ・・・写真下手！！というかiPad mini（スマホ代りに持ち歩いている）ではこれが限界なのかも〜〜（汗）今年は久しぶりに実際の花火場所（ハーバー）まで行ってみました。こんな田舎の地方都市に、こんなにも若者がいたのか！？と驚かされるくらいの人出です。どの店も待たないと買えない...