Working for Zebrafish-driven Drug Discovery

うちの水槽システムでは、ゼブラフィッシュと貝を入れています。レッドラムズホーンと呼ばれるインド産の平巻貝です。まあ、簡単に増えますし、赤色が美しい。そしてこれを入れておくと、本当に苔が生えないので、小型水槽をゴシゴシ磨く必要がなくて助かります。実は３年前に寄生虫感染が疑われて（過去ブログ参照）、検疫用水槽システム以外、すべての水槽を消毒・乾燥処理したのですが（過去ブログ参照）、その際にこの貝の移動...

帰国してもう3年。５台の水槽システムはどれもとても古く（うち1台は検疫用だから魚をあまり入れられない）、共同研究やら趣味の研究やら（汗）で、どんどん特殊なゼブラフィッシュ系統（蛍光発現やmutants）を増やし続け、さらにルーチンでZebrafish Embryo Acute Toxicity Test (ZFET)を回しているので、野生型系統も増やしまくりの今日この頃、ついに水槽システムがいっぱいいっぱいになりました！！（正確には昨年後半からやり...

というわけで三重大学の仕事用ウェブサイトを変更しました！！なかなかクールでしょ？ホームページのイメージは頭の中にできてはいたのですが、実現させるにはなかなか苦労しました。（いや、だってね、学内サーバーはいろいろ制限が厳しくて、あれも使えない、これも使えないでで・・・おっと誰か来たようだ）といっても、既存のフリーウェアを使っただけなんですけど（爆）使ったソフトウェアはMobiriseというフリーウェア有料版...

前回のZF-Mapperという画像定量化ソフトウェアの流れを組む研究、ZF-Informaticsの第２弾！！（ZF-Informaticsは自分で勝手に命名しました）ZF-AutoML: An Easy Machine-Learning-Based Method to Detect Anomalies in Fluorescent-Labelled Zebrafishby Ryota Sawaki 1,†,Daisuke Sato 2,†,Hiroko Nakayama 3,4,Yuki Nakagawa 2 andYasuhito Shimada 1,4,5,*1Department of Integrative Pharm...

三重大学の生物資源学研究科との共同研究がpublishされました。J Med Food. 2019 Dec 17. doi: 10.1089/jmf.2019.4484. [Epub ahead of print]Water Extract of Yamato Tachibana (Citrus tachibana) Induces Food Intake in Adult and Larval Zebrafish.Yamada Y1, Chensom S1, Yonemoto H2, Nakayama H1,3, Zang L1,3, Nishimura N1,3, Mishima T1,4, Shimada Y2,3,5.ことの始まりは、...

毎年恒例の分子生物学会、今年も参加してきました（昨年・一昨年前はこちら）。しかも・・・演題５つ、総勢６名！！そして全員ほぼ全日程参加。お金が・・・。場所は福岡国際会議場。ポスタ－会場は少し離れていますが、こっちのほうがきれいかも。なかなかの活気です。屋台も出ています。ちょっとしたお祭りですね。ワークショップに選ばれた後輩研究者の御発表。内容はFront Genetで発表した糖尿病モデルゼブラフィッシュを用い...

ライデン大学時代からの長期作がようやくpublishされました。BMC Genomics. 2019 Nov 20;20(1):878. doi: 10.1186/s12864-019-6265-1.Infection and RNA-seq analysis of a zebrafish tlr2 mutant shows a broad function of this toll-like receptor in transcriptional and metabolic control and defense to Mycobacterium marinum infection.Hu W1, Yang S1,2, Shimada Y1,3, Münch M4,5, Marín-Juez...

帰国してから参加している未病システム学会。今年も参加してきました〜〜今回、なあんと、私はポスター発表なのに、メンバーの女性２人がオーラル発表になりました。私はオーラルなのに！！か、かなしすぎる・・・。もう来年はいかにゃい・・・（たぶんウソ）。で、うちの娘（というには年齢が）たちの発表をパシャリ。パシャリパシャリ自分は自分のポスター発表以外の日は参加しなかったのですが（拗ねていた訳ではない）、なあん...

最近、地域のクリニックをどんどん登録しているDoctors Fileというサイトに、アルバイト先のクリニックが登録されたので、ご報告。ウェブサイトはこちら。まあ、自分は半分趣味で働いているところなので、あまりお客さんが増えないほうがいいんですが。...

デンソー本社の技術展示会にて発表してきました。自動車関係の会社なのに、なぜ僕はここにいるんだ？？（自分でも全くわからない）まあ、当たり前ですが、展示は自分の専門のゼブラフィッシュ 。生きているゼブラフィッシュの成魚と稚魚（顕微鏡付き）を持って行きました。いい感じの展示でしょ？柿は話を聞きにきてくださった方に、お配りさせていただきました。・・・何をしてんだか。。。デンソー本社の夕暮れ。短いブログでし...

家族旅行で信楽に行ってきました！！三重県からだと旅行というほどの距離ではないですが。ででーん！！名物のたぬきたち！！！ほら、ほら。ちょっと変わりダネほ〜らほらもうええっちゅうねん。さて、今日の目的は陶芸の森とてもきれいな場所でした。まずはここでもたぬきたちがお出迎えです。以下、テキトーに写真が続きます。登窯で遊ぶ息子。とてもお洒落な椅子たち。気に入ったので、お店でいくつか買って帰ろうかと思ったら・...

ZMDD: ゼブラフィッシュ ・メダカ創薬研究会去年のZMDD 2018（過去ブログ）に引き続き、今年も参加発表してきました。会場はちょっと遠めの千葉大学朝一の発表なのに、当日朝に三重県を出発する己の無謀さ・・・今回のネタは、もうすぐ論文発表する（このブログを書いているときはすでに発表済）の機械学習ネタ。朝一ということもあり、参加者数が・・・でも年に1回、いろいろな分野に住んでいるゼブラフィッシュ研究者が集まる会...

新たな共同研究開始のため、京都大学に行きました。ええ、仕事です。遊びじゃありません、仕事です。きれいな赤レンガの校舎が続く学内を歩きます。う、うつくしい・・・。海外の大学のようです。三重大学もせめて建物の色調くらい揃えてほしいものいですね。寄付講座のリストが・・・。日本の大手ばっかりです。まさに日本の知の世界のトップという感じです。いやあ、研究がんばらなあかんわ。来年はImpact Factorが高い論文を出...

さあ、学会当日。一気に３０枚の画像で勝負だ！！なんのこっちゃ。。。朝はホテルの食い放題を楽しみ・・・ホテルから１時間以上かけ（汗）、会場に到着。相変わらず立派すぎる会場です。どうやら1階は中国共産党のイベントをしていたらしく、ついでに記念撮影ここはG20の会場にもなったそうです（興味ないけどね）。で、会場の２階に到着。いよいよ本番です（実は２日分まとめてあります）。後輩研究者の発表。英語が上手なことも...

さあ、今日から学会本番！！朝から気合を入れて、ホテルの朝食バイキングを満喫するぞ！！（おいおい）と、朝っぱらからおいしい中華をたらふく食べて、学会会場に向かいます。ちゃんと学会会場のそばのホテルを取ってある賢い我々（後輩研究者のこと）。それにしても大きな会場です。いろいろな学会がやっています。これじゃないし・・・これも違う。お、これかな？いや、家畜関係の学会らしい、違いました。バイオテクノロジー関...

後輩研究者のふるさと、中国は青島。肥満の国際学会に誘われたので発表してきました（軽い）。夜中に到着したので、開始は翌日（学会は明日からの全日入り）明るいところで見るとかなり立派なホテル。両サイドにショッピングモールが併設されています（モールはこの日の夕方に行きました）。で、ホテルの周りの風景。どーん！どどーん！！どどどーん！！どどどーん！！！ええ、もう大都会です。三重県の田舎者には想像を絶する都会...

気づくと仕事のことばかり書いてしまうこのブログ（ほんとか？）意識的に、かつ定期的にプライベートを書かないといけませんね。というわけで家族で彦根城に行ってきました！！三重からだと大騒ぎするほどの距離ではない。まずは入り口。そして中に入っていきます。石垣（石垣フェチ）と堀のハーモニーが美しいです。オランダ時代（当時のブログ）によく見た白鳥！！中に入っていきます。さあ、上りの階段ラッシュ。そういやここに...

前回のバイオ医薬EXPO（過去のブログ）で知り合った企業との共同研究の打ち合わせで、鳥取に行きました。場所は鳥取大学医学部がある米子市。会議予定よりかなり早めに着いたので（わざとじゃないよ）、付近を散策すると・・・米子城跡発見！！鳥取大の裏にある山の上にあるようです。暑かったですが、運動のため、歩いて登ってみました。頂上に着いたら、もう汗だく。途中で白シャツを脱いで歩きました。石垣の跡がいい感じです。...

河田フェザー社との共同研究も羽毛の安全性評価に関する研究。ちょっと前まで、プレスリリースや論文発表出しまくっていましたが、最近出していないことに気づいたので、このブログで紹介。寝装ジャーナル、2019年8月25日号掲載繊維ニュース、2019年8月13 日号掲載寝具新聞、2019年8月15日号さあて、そろそろ新展開考えないとな〜〜〜！！...

その肝臓の遺伝子発現を次世代シーケンサーで見ちゃいました！！Zang L, Shimada Y, Nakayama H, Kim Y, Chu D, Juneja LR, Kuroyanagi J, Nishimura N. RNA-seq based transcriptome analysis of the anti-obesity effect of green tea extract using zebrafish obesity models. Molecules. 2019;24:3256.ロートさんとの共同研究成果の一部でございます。まあ、正直、大した発見のない論文なのですが（...

学会も無事終わり、今日から共同研究先訪問「弾丸」ツアー開始です。まずは朝一で予約したレンタカーを受け取り、バレンシア からサンセバスチャンに向かいます。まさにスペイン横断、片道600kmの旅です！！途中で寄ったサービスエリア。おしゃれすぎます。まずは１軒目、到着！！場所はサンセバスチャンの少し手前、NavarraにあるIkan Biotechさんです。５時間くらい運転しました。いやあ、おしゃれだな〜、ほんっと。共有のホー...

三重大学もついに、クラウドファンディングを始めました！！え、遅すぎって？？まあ、いいじゃないですか、始めたんだから。最初は私にお声がかかったのですが、こういうのは若い人向けかな〜〜と思い、一緒に研究している市川先生（過去ブログ）に声をかけ、クラウドファンディングが開始されました。彼のサイトはこちら。１ヶ月という短い期間ですが、見事１００万円達成！！！おめでとうございます！！！！！寄付してくださった...

さあ、学会本番！！3rd World Conference on Food science, Nutrition and Obesity Prevention Sourceややマニアックな学会ですが、学生さんや後輩君にはいい練習でしょー。自分の発表は朝一番でしたが、意外といいお客さんの入り。初めての海外（英語）発表で、かなり練習していた学生さんも無事、見事な発表。ポスターセッションで絡みまくるおじさん。あ、自分だ、これ！学会後のランチ会場。スペインらしい、いやバレンシアら...

三重大Rというサイトに共同研究者の市川俊輔先生が載っていました。ウェブサイトはこちら研究の内容は、彼が三重県中の学校から集めてきた土壌、主に土壌細菌の機能性をゼブラフィッシュで探しています。今は主に抗がん作用を見ています。忘れもしない、帰国したばかりの2016年、それまで会ったこともない彼から「土をいっぱい持っているけど何か研究できないか」と提案を受けたことが、このプロジェクトの始まりでした。私自身も...