FC2ブログ

Blog

Intro

Publication

Conference

Patent

Link

Ensemblおそるべし!

日本に今年4月に戻り、自前の研究費もないので(( ̄◇ ̄;))まずはバイオインフォマティクスで仕事をしようと考えています。

で、いろいろな共同研究先からいろいろな疾患モデルゼブラフィッシュのRNA-seqデータをもらって解析してみる。

自分はあくまで人間の医学に貢献したいので、ゼブラフィッシュの遺伝子を人間の遺伝子に配列ベースで読み替える(配列が似ている人間の遺伝子に変換する)。いわゆるオルソログ(ortholog)変換をどうやってしようかな〜、Ensemblあたりからそれぞれのgenome配列をダウンロードしてムニャムニャしてみよっかな〜〜、などと考えながらGoogle先生に聞いてみると・・・、

Ensembl内のサイトで一発でできることが判明。
 =>方法はこちら
いきなり(誰にでも扱える)tab-delimited text file(タブ切りテキスト)でのZebrafish gene => Human othologのリストを手に入れてしまいました。

便利な世の中になったものです。
ありがたや、ありがたや。
Ensembl_ortholog 

コメント

コメントの投稿

非公開コメント

カレンダー

08 | 2018/09 | 10
- - - - - - 1
2 3 4 5 6 7 8
9 10 11 12 13 14 15
16 17 18 19 20 21 22
23 24 25 26 27 28 29
30 - - - - - -

Twitter